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黃連素，屬于季銨型異喹啉類生物堿。主要存在于小檗科、罌粟科、毛莨科、蕓香科和防己科等植物中。黃連素是黃色針狀晶體狀，鹽酸黃連素是其常用形式。
黃連素是黃連抗菌的主要有效成分。黃連素對溶血性鏈球菌，金黃色葡萄球菌，淋球菌和弗氏、志賀氏痢疾桿菌等均有抗菌作用，并有增強白血球吞噬作用，對結核桿菌、鼠疫菌也有不同程度的抑制作用。小檗堿的鹽酸鹽（俗稱鹽酸黃連素）已廣泛用于治療胃腸炎、細菌性痢疾等，對肺結核、猩紅熱、急性扁桃腺炎和呼吸道感染也有一定療效。
鹽酸黃連素抗菌譜廣，體外對多種革蘭陽性及陰性菌均具抑菌作用，其中對溶血性鏈球菌、金葡菌、霍亂弧菌、腦膜炎球菌、志賀痢疾桿菌、傷寒桿菌、白喉桿菌等有較強的抑制作用，低濃度時抑菌，高濃度時殺菌。消除念珠菌的菌類感染，應用於婦科炎癥。對流感病毒、阿米巴原蟲、鉤端螺旋體、某些皮膚真菌也有一定抑制作用。對螺旋桿菌也有作用，而能使胃炎、胃及十二指腸潰瘍減輕。對眼結膜炎、化膿性中耳炎等有效。
一種提取鹽酸黃連素的方法，所述方法包括：
1).切絲將黃柏挑選并除去石、砂、雜物，烘干或曬干后，用切絲機切成細小碎段而成生藥絲；
2).浸泡將生藥絲倒入浸泡池內，加入濃度為0.1-1％的硫酸水溶液浸泡24-36小時，硫酸水溶液的加入量為生藥絲重量的3-5倍；生藥浸泡四次，第二、三次仍用硫酸水溶液，加入量為生藥絲重量的2-3倍，浸泡24小時；最后一次用清水或更稀的硫酸水溶液，浸泡時經常攪拌；
3).過濾將第一、二、三次的浸泡液用鋪有濾布的過濾篩過濾，所得濾液即為黃連素硫酸鹽；
4).中和將濾液移入中和池內，緩慢加入石灰乳，調節濾液的pH值為7-9范圍內，靜置過夜，上清液用鋪有濾布的過濾篩過濾，濾液送入鹽析池內，底層渾濁液則過濾2-3次，將除去雜質的清液也送入鹽析池內；
5).鹽析向鹽析池內加入濃鹽酸，至濾液的pH值2-3，再按每百公斤濾液5-10公斤的比例加入食鹽，放置12-48小時，至黃色結晶在食鹽溶液中完全析出為止；
6).過濾用過濾篩將晶漿液過濾，分離出結晶體即為鹽酸黃連素的粗品；
7).精制將鹽酸黃連素粗品放入溶解池內，按濕品量10-15倍、干品量20-30倍加入沸水，使其溶解，再加入石灰乳，調節溶液的pH值8-9，除去浮在液面上的雜質，趁熱過濾，濾渣用少量沸水沖洗后棄去，沖洗液與濾液合并，置于結晶池內，加入鹽酸調節pH值1-2，12-24小時后，析出純凈的鮮黃色結晶體；
8).干燥用過濾篩過濾，分離出精制的結晶體，用少量蒸餾水沖洗結晶體的鹽酸殘液，至沖洗液的pH值4-6為止，濾干，結晶體送入烘房中，在70-80℃的溫度下烘干，或置于陰涼處風干，即得到鹽酸黃連素精品。